Pembentukan Kabupaten Maluku Tenggara tidak terlepas dari dinamika politik pascakemerdekaan Republik Indonesia. Pada 25 April 1950, separatis Republik Maluku Selatan (RMS) memproklamasikan diri dan mengklaim wilayah Maluku Tengah hingga Maluku Tenggara. Klaim sepihak tersebut ditolak tegas oleh tokoh dan pemuka masyarakat Maluku Tenggara yang tetap menyatakan kesetiaan kepada Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Pada masa awal pascaproklamasi 17 Agustus 1945, wilayah Maluku hanya terbagi dalam dua daerah swatantra, yakni Maluku Utara dan Maluku Selatan. Dalam struktur pemerintahan saat itu, dibentuk Dewan Maluku Selatan (DMS) yang beranggotakan 30 orang, delapan di antaranya berasal dari Maluku Tenggara dan wilayah kepulauan sekitarnya.
Situasi politik yang tidak stabil mendorong Gubernur Maluku saat itu, M.J. Latuharhary, mengambil langkah likuidasi atau pembubaran Daerah Maluku Selatan pada 1951. Momentum ini dimanfaatkan delapan anggota DMS dari Maluku Tenggara untuk menyampaikan aspirasi rakyat melalui sebuah resolusi yang menuntut pembentukan Daerah Tingkat II Maluku Tenggara dengan ibu kota di Tual.
Aspirasi tersebut diperkuat melalui Konferensi Kasimbar yang digelar di atas KM Kasimbar pada 10 Desember 1951 di Tual. Pertemuan yang dihadiri tokoh masyarakat lintas wilayah dan partai politik itu akhirnya menyepakati rekomendasi pembentukan Kabupaten Daerah Tingkat II Maluku Tenggara sebagai daerah otonom.
Keputusan politik itu kemudian diwujudkan pemerintah pusat melalui PP Nomor 35 Tahun 1952. Sebagai tindak lanjut, dibentuk Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Sementara (DPRDS) dan Dewan Pemerintah Daerah Sementara (DPDS) Maluku Tenggara. Pelantikan kedua lembaga tersebut dilaksanakan pada 22 Desember 1952, sekaligus menandai dimulainya roda pemerintahan Kabupaten Maluku Tenggara secara formal.
Dalam perjalanannya, Kabupaten Maluku Tenggara mengalami sejumlah pemekaran wilayah, yakni pembentukan Kabupaten Maluku Tenggara Barat pada 2000, Kabupaten Kepulauan Aru pada 2003, serta Kota Tual pada 2007. Melalui PP Nomor 35 Tahun 2011, ibu kota kabupaten dipindahkan dari Kota Tual ke Langgur, Kecamatan Kei Kecil.
Saat ini, berdasarkan Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 18 Tahun 2013, Kabupaten Maluku Tenggara membawahi 11 kecamatan dengan 190 ohoi dan satu kelurahan. Sejarah panjang pembentukan daerah ini menjadi fondasi penting bagi penguatan pemerintahan, pembangunan daerah, serta jati diri masyarakat Maluku Tenggara di Bumi Larvul Ngabal.
